En 1996, AGP amplió sus capacidades de valor añadido con la finalización de una planta de éster metílico de soja en Sgt Bluff, Iowa. AGP comercializa productos de éster metílico de soja bajo la marca SoyGold. Se utilizan en una amplia variedad de aplicaciones, como combustible de biodiésel de soja, disolventes y adyuvantes de pulverización (utilizados para mejorar la eficacia de los productos químicos agrícolas). AGP construyó una nueva planta de éster metílico de soja en St. Joseph, Missouri, que entró en funcionamiento en el otoño de 2007. En 2011, AEP adquirió una planta de biodiésel de soja en Algona, Iowa. Con la capacidad anual de 60 millones de galones de la planta de Algona, la capacidad total de biodiésel de AGP en sus tres plantas asciende actualmente a 120 millones de galones. AGP, líder en el establecimiento de estándares de calidad para la industria, continúa produciendo el biodiésel de la más alta calidad disponible, habiendo recibido la certificación BQ9000 para su producción de biodiésel de soja.